В 2049 Токио накрыли два мощных землетрясения, превратив город в кучу развалин. На месте старого мегаполиса построили новую столицу, куда понаехали беженцы, бандиты и террористы.

Рэй решает дать отпор местному наркобарону Хоакину Найто, который держит под контролем всю Японию.

В первом эпизоде Рэй и её напарник, спецагент Мунэей Шёко, пытаются пробраться в отель Найто. Их ловят и вкалывают нанороботов, чтобы контролировать их мозги. Рэй удаётся сбежать, но она остаётся без одежды прямо на улице.

Во втором эпизоде Рэй и Шёко попадают в передрягу. Шёко захватывают и вставляют в него наномашины, а Рэй удаётся вырваться на свободу. Пытаясь спасти Шёко и добраться до Найто, Рэй снова попадает в плен и её начинают жестоко мучить. В течение нескольких месяцев её унижают и наказывают. Что же ждёт её впереди?